A. 用5 µg正常小鼠IgG或PABPC1抗体和Magna RIP试剂盒（货号17-700）对HeLa细胞的RIP裂解物2x107细胞当量/IP）进行免疫沉淀。使用RIP引物ACTB，通过qRT-PCR方法验证了PABPC1相关RNA的成功免疫沉淀。
B.用2.5 μg正常兔IgG或HUR抗体和Imprint RNA免疫沉淀试剂盒（RIP）对HeLa细胞的RIP裂解物（0.5 × 106 或 1.7 × 106细胞当量/IP）进行免疫沉淀。使用对照引物Actin B和JUN，通过qPCR方法验证了HUR-靶标和非靶标相关RNA的免疫沉淀。
C. 利用qRT-PCR与Magna细胞核交联RIP（货号17-10520）分析HeLa细胞中与PRC2复合物（EZH2和SUZ12）和U1snRNA（阴性）相关的LincSFPQ。与竞争品牌试剂盒的信噪比性能进行比较。
图D和E. Magna细胞核RIP检测，分别使用低至5,000（交联，货号17-10520）和100,000（天然，货号17-10522）个细胞。灵敏度数据表面，使用5,000个HeLa细胞显示了交联方案NEAT1富集，而使用天然方法则需要100,000个细胞（C）。信噪比数据显示，天然方案的总体阳性与阴性比值更高（D）。
F. 使用来自HEK293细胞的总RNA进行MeRIP（货号17-10499）分析。然后，使用阳性对照引物（MeRIP引物人EEF1A1阳性，货号CS220017）和阴性对照引物（MeRIP引物人EEF1A1阴性，货号CS220018）通过RT-qPCR方法来分析纯化的RNA。
G. 左图：利用MeRIPTMm6A检测法和来自各种细胞的mRNA成功检测甲基化RNA。使用来自无外源性成分的人包皮成纤维细胞（HFF，货号 SCC058)）、UM-SCC-104人头颈部鳞癌细胞（货号：SCC072）和人胚胎干细胞（H9）的mRNA，进行MeRIP（货号17-10499）。然后，使用阳性对照引物（MeRIP引物人EEF1A1阳性，货号CS220017）和阴性对照引物（MeRIP引物人EEF1A1阴性，货号CS220018）通过RT-qPCR方法来分析纯化的RNA。中图和右图：分析小鼠和人ES细胞中重编程基因的m6A RNA水平。使用来自PluriStem 129/S6 鼠 ES 细胞（货号SCR012）和H9 人 ES细胞的 mRNA，进行MeRIP（货号17-10499）。然后，使用Myc、Sox2、Nanog、Klf4和Oct4的MeRIP m6A 峰引物，通过RT-qPCR方法对纯化的RNA进行分析。小鼠重编程基因的PCR引物序列由Howard Chang（斯坦福大学）提供。人PCR引物是根据已发表的MeRIP-Seq数据设计的。使用Bio-Rad qPCR仪和iTaq ™通用一步法试剂盒（Bio-Rad）进行一步法RT-qPCR。通过利用0.1％输入样品或ΔΔCt方法绘制的标准曲线，计算输入回收率。
H 使用HeLa细胞裂解液及Magna ChIRP TERC lncRNA探针组ODD（偶数/奇数）（货号03-309）或NEAT1 lncRNA探针组ODD（偶数/奇数）（货号03-308）或Magna ChIRP™阴性对照探针组(LacZ) （货号03-307）进行 ChIRP（货号17-10494）。然后，使用RNA阳性对照引物（TERC或NEAT1）和RNA阴性对照引物（GAPDH），通过qRT-PCR方法对纯化的RNA进行分析。
RNA免疫共沉淀结合高通量测序技术（RIP-seq）