摩登时代
1966年电视连续剧结束后的几年，蝙蝠侠的漫畫销量持续下降，连载几乎取消。虽然到了20世纪70年代，小丑重新成为蝙蝠侠最疯狂且致命的敌人，但直到80年代，蝙蝠侠系列才开始出现转机，小丑成为漫画“黑暗时代”的一部分：关于死亡和毁灭的成熟故事。这种转变是为了摆脱千篇一律的超级英雄和恶棍鬥爭故事，而且作品的讀者不再以儿童為主。在几个月后的《无限地球危机》，杀死闪电侠和超女等白银时代的标志性角色，并重启DC漫画故事历史以修复劇情的连续性。
1986年，弗兰克·米勒的《蝙蝠俠：黑暗騎士歸來》将蝙蝠侠描繪成一个迟暮的退役英雄，小丑在其中作为最重要的反派出场；從此作以后蝙蝠侠的形象从英雄变为反英雄，并间接导致之后的罗宾之死。在此米勒提出一个经典设定——如果蝙蝠侠消失，小丑会金盆洗手；如果蝙蝠侠回归，小丑也会復出，从此小丑和蝙蝠侠的关系变得更私人化，往後的小丑相关故事更强调他個人对蝙蝠侠的执念。这个故事与《致命玩笑》、《守護者》、《蝙蝠侠：第一年》、《V怪客》等共同开启了美漫的“摩登时代”，即“黑暗时代”。从那时起直到现在，美漫不再只是面向儿童的娱乐读物，它们变得更阴暗、现实、内容丰富也更具智性。人们通常认为这也是名作最多、艺术成就最高的时代。
20世纪80年代末，小丑在蝙蝠侠的故事中产生重大影响。阿兰·摩尔和莱恩·勃兰德1988年创作出图画小说《蝙蝠侠：致命玩笑》。创作《致命玩笑》的念头最早来自绘者布莱恩·勃兰德，当时DC漫画的编辑问布莱恩，想要挑哪一个DC漫画人物来进行创作，他提了三个名字：最尊敬的作者阿兰·摩尔，最喜欢的漫画英雄蝙蝠侠，和他最喜欢的反派小丑。当这三个名字汇聚到一起时，《致命玩笑》这部作品便诞生了。布莱恩想要做的是对小丑这个人物的起源进行描绘，抓住这个人物最为核心的特质，同时也籍此回到罗宾出现之前的蝙蝠侠漫画世界，对蝙蝠侠与小丑二人的关系进行重新界定。他没有想到的是，摩尔走的比他预期地更远，《致命玩笑》成了蝙蝠侠系列剧情展开走向黑暗的肇始。
《蝙蝠侠：致命玩笑》中提到小丑的身分和起源，描述小丑原本是一个喜剧演员，後化身為犯罪者「紅頭罩」；由於自己深爱的妻子和未出世的孩子在一场意外中死亡，加上後來在被蝙蝠侠追捕時不慎跌落废弃的化学药池中遭染色毀容，他彻底改变，此後成为蝙蝠侠的宿敵。小丑正因为与蝙蝠侠在性格和外观上处于对立面，成为蝙蝠侠完美的对手。此作也讓当时的蝙蝠女孩芭芭拉·戈登因小丑而瘫痪后被迫退休。摩尔本人多年后回忆起这部作品时，在一次訪談中表示对描繪这一情节感到后悔：
「我问 DC，他们对我让芭芭拉残废有没有意见——她当时还是蝙蝠女——如果我没记错的话，我跟编辑莱恩·韦恩谈了谈，他说：『好的，没问题，弄残那个角色吧』。我认为这是他们应该劝阻我的地方，然而他们没有。」
这部作品被评论家描述为有史以来最伟大的小丑故事之一，影响了后来的漫画故事，以及1989年的电影《蝙蝠侠》和2008年的电影《黑暗騎士》。
吉姆·斯大林与他的团队于1988-1989年创作的故事《家庭之死》中，小丑谋杀了蝙蝠侠的搭档(第二任罗宾，杰森·托德)。DC没有自行决定托德的命运，而是让读者投票决定他的結局，最终以72票的优势让小丑用撬棍把托德打死。这个故事改变了蝙蝠侠故事的格局：小丑並非杀害无名路人，而是谋杀蝙蝠侠故事中的核心人物；这对未来的故事产生深遠的影响。
1989年，格兰特·莫里森初次执笔的蝙蝠侠故事《阿卡姆疯人院：严肃之地上的严肃之屋》讲述蝙蝠侠、小丑和其他疯狂罪犯在阿卡姆疯人院中的一次斗争，在这个故事中探讨英雄与反派的精神状态。在其后莫里森自己也承认自己有些“用力过猛”导致故事过分神神叨叨难以看懂。
1992年的动画系列介绍了小丑的女伴：哈莉·奎茵，一位精神病医生，因为和小丑的不健康关系而陷入困境，成为他的同谋。在与动画片同一世界观的漫画《蝙蝠侠大冒险》第12期（1993年9月）中，哈莉·奎茵首次登场。由于卡通的剧情并非正统剧情，于是在1999年8月推出她的个人漫画特刊——《蝙蝠侠：哈莉·奎茵》，正式介绍這個角色，并让她开始出现在DC主宇宙的漫画里，这是哈莉·奎茵在主宇宙的漫画中首度登场。其后，受欢迎的程度甚至让她发行个人月刊。
1999年，艾伦·格兰特和诺姆·布里福格的漫画《安纳奇》结尾中揭示安纳奇这个角色是小丑的儿子。布里福格构想通过这种方法推广扩充安纳奇这个角色，但奥尼尔（当时是蝙蝠侠系的总编）反对，并要求在故事线中表明这段关系是虚假的。然而，安纳奇系列在故事最终反转之前就被取消出版。同在1999年發行的《无主之地》中，小丑再次出手杀死戈登的妻子，戈登开枪射击小丑、打碎他的膝盖骨。2008年的《安息》中，小丑帮助黑手套制服了蝙蝠侠，但在最后却认为蝙蝠侠不会输，就自行离开了。